Une branche pousse en s'allongeant. Le bourgeon qui se trouve en bout s'ouvre, laissant apparaitre des feuilles et un nouveau bourgeon, qui va lui aussi s'ouvrir et continuer le cycle. Le long de cette branche, se trouvent d'autres bourgeons, mais ils ne s'ouvrent pas. On appelle cela des bourgeons latents. Ils restent bloqués dans cet état afin de favoriser le développement du bourgeon apical et ainsi poursuivre la course vers la lumière.
On a longtemps pensé que l'auxine était produite au niveau du feuillage. Or des études récentes ont montrées qu'elle est produite au niveau des racines, ce qui est bien plus logique. L'auxine est transportée par la sève brute, va remonter jusqu'aux branches et arriver aux feuilles. Une grande partie de l'eau puisée par un arbre est perdue en évaporation, ou transpiration, au niveau des feuilles. Et c'est tout au bout des branches, là où le feuillage est le plus exposé à la lumière, que la transpiration est la plus importante. La quantité d'eau diminuant, la concentration en auxine augmente.
C'est la concentration élevée d'auxine qui va entre autre favoriser la croissance du bourgeon terminal et inhiber le développement des bourgeons arrières.
Plus on s'éloigne du bout de la branche, et plus la concentration en auxine diminue, ce qui fait qu'au bout d'un moment des bourgeons arrières vont quand même s'ouvrir et donner naissance à des branches.
La gestion de l'auxine et au coeur de notre gestion de la taille d'un bonsai. Quand on pince la pousse encore verte, on va bloquer sa croissance et ainsi réveiller les bourgeons latents qui se trouvent en arrière. La taille d'entretien quand à elle, se fait lorsque la pousse commence à se lignifier et va forcer la création de nouveaux bourgeons en arrière.
L'auxine joue un rôle sur de nombreux processus de croissance et de développement d'un arbre, et elle est complémentaire d'une autre hormone, la cytokinine. Plus que la concentration absolue en chacune des deux hormones, c'est le rapport cytokinine/auxine qui détermine le développement des bourgeons axillaires. Il s'agit là de processus physiologiques complexes dont la connaissance précise n'est pas nécessaire pour entretenir un bonsai.